Dentro do Complexo de Ensino, as duas instituições de educação básica - ED e  HC – têm uma estrutura organizacional presidida pela Liga de Ensino como mantenedora. A gestão administrativa e pedagógica tem como atores a Direção Geral e Vice Direção que orientam a ação educativa, através de seus assessores, coordenadores, professores e demais funcionários.

Quanto à linha pedagógica, as escolas contam com a estrutura do Núcleo Pedagógico que reúne os coordenadores em um fórum permanente de programação e avaliação curriculares. Sua função é acompanhar o processo de ensino junto aos professores, realizando o trabalho docente bem como os vários eventos científicos, artísticos e culturais que compõem a missão educativa das escolas.